Na terytorium Ekwadoru występuje niewielkie prawdopodobieństwo zarażenia się chorobami tropikalnymi. Na wybrzeżu i w dżungli zlokalizowano niebezpieczne ogniska malarii i dengi. Przed wyjazdem do Ekwadoru nie ma obowiązku zaszczepienia się.Wyjątek stanowi szczepienie przeciwko żółtej febrze, które powinno się pobrać.

Na terenie państwa okresowo pojawiają się lokalne zarażenia cholerą. Turyści, którzy wybierają się w Andy muszą pamiętać o możliwości pojawienia się choroby wysokościowej.

W porównaniu do krajów sąsiednich Ekwador jest krajem stosunkowo bezpiecznym dla turystów. Na miejscu występuje zagrożenie drobnymi napadami i kradzieżą, na które narażeni są obcokrajowcy w większych miejscowościach.