Macedonia leży w strefie przejściowej klimatu śródziemnomorskiego oraz umiarkowanego kontynentalnego. Lato w Macedonii jest gorące i słoneczne, średnia temperatura wynosi około 24°C. W niektórych miastach (np. Demir, Kapija) temperatura dochodzi do 40°C, co w połączeniu z ostrym słońcem może być męczące i ciężke do wytrzymania. Zimy są natomiast łagodne a średnia temperatur w styczniu waha się w granicach 0-2°C.

Opady w Macedonii są zróżnicowane i rozkładają się nieregularnie. Najmniej, bo maks. 500 mm jest ich na wschodzie, na zachodzie Macedonii może być ich już 900 mm natomiast najwięcej opadów występuje w rejonach górskich – 1500 mm.