Szczepienia przy podróży z Polski nie obowiązują, natomiast wymagane jest szczepienie przeciwko żółtej gorączce, jedynie od osób przybywających bezpośrednio z rejonu występowania tej choroby.

Dla własnego bezpieczeństwa zaleca się szczepienia przeciwko następującym chorobom:

-wirusowe zapalenie wątroby typu A

-wirusowe zapalenie wątroby typu B

-tężec + błonica

-choroba Heinego-Medina (inaczej: poliomyelitis)

-dur brzuszny *

-japońskie zapalenie mózgu *

-inne egzotyczne choroby według zaleceń lekarza w bardzo rzadkich sytuacjach 

*w zależności od charakteru, terminu i trasy wycieczki oraz indywidualnych wskazań

Groźną chorobą mającą ogniska wirusowe w Indonezji jest Malaria.

Występuje ona niezależnie od pory roku w całym kraju poza okolicami Jakarty, dużymi miastami oraz miejscowościami turystycznymi na wyspach Jawa i Bali.

Uwaga: powyższe zalecenia ze względu na bezpieczeństwo turystów, odnoszą się do dorosłych, zdrowych podróżników, zaszczepionych w dzieciństwie zgodnie z kalendarzem szczepień obowiązkowych.Zalecenia dla turystów z przewlekłymi schorzeniami, podróżujących kobiet w ciąży oraz dzieci mogą się różnić od przedstawionych.

Wybór szczepień oraz sposobów profilaktyki malarii jest zależny od trasy i charakteru podróży a także od stanu zdrowia turysty oraz indywidualnych przeciwwskazań. Dlatego zaleca się wizytę w specjalistycznej poradni na 6-8 tygodni przed wyjazdem. Lekarz w zależności od potrzeb może skompletować podręczną apteczkę podróżną.Warto dodać, że w czasie epidemii ptasiej grypy w Indonezji pojawiły się liczne przypadki zachorowań, a nawet zgonów. Problem tem jest jednak zażegnany i w żaden sposób nie zagraża turystom.

Opieka medyczna w Indonezji jest płatna. Koszt wizyty lekarskiej wynosi od 15 do 30 USD (przy nagłych i ciężkich wypadkach – do 200 USD). Koszt jednej doby pobytu w szpitalu – od 15 USD w szpitalu państwowym (np. Szpital Wydziału Medycyny Uniwersytetu w Indonezji „Cipto Mangkusumo" w Dżakarcie) do 250 USD w prywatnej klinice. Przeciętny koszt pobytu w szpitalu wynosi 150 USD dziennie, przy czym koszty te nie obejmują opłat za usługi medyczne, badania laboratoryjne oraz lekarstwa