Ze względu na dużą rozciągłość południkową, w Japonii wyróżnić można trzy strefy klimatyczne.Północ kraju (Hokkaido, północne Honsiu) leży w strefie umiarkowanie ciepłej, centrum Japonii (środkowe i południowe Honsiu, Sikoku i Kiusiu) to klimat podzwrotnikowy, a południowy skraj państwa (część Kiusiu i Riukiu) leży w strefie zwrotnikowej.

Dodatkowo na pogodę w Japonii wielki wpływ ma klimat monsunowy.Dzięki niemu klimat Japonii ma charakter morski. W zdecydowanej części kraju wyróżnić można cztery pory roku.

Zima w Japonii jest niezwykle zróżnicowana i zależy głównie od położenia danej wyspy.Na północy kraju temperatury mogą spaść poniżej -20°C (czasem poniżej -35°C), w centrum kraju zimą termometry pokazują od -10°C do +10°C, na południu zima jest bardzo łagodna, a temperatura dochodzi do +20°C.W wielu rejonach Japonii (zwłaszcza w górach) zima to okres niezwykle obfitych opadów śniegu.

Latem różnica temperatur między Północą i Południem nie jest już tak duża. Na Hokkaido termometry pokazują około 20°C a na Kiusiu ponad 30°C.

Wiosna zaczyna się pod koniec lutego w południowej części kraju a ostatnie śniegi na Północy topnieją pod koniec kwietnia. Ta pora roku jest niezwykle ważna dla Japończyków ze względu na kwitnące drzewa śliw, czereśni a zwłaszcza wiśni, które są swoistym symbolem kraju.Po wiośnie następuje pora deszczowa, która jest stosunkowo krótka (początek czerwca – połowa lipca), a intensywnością nie dorównuje tym nawiedzającym południową Azję.

Jesień japońska ma dwa oblicza. Z jednej strony podziwiać wówczas można wspaniałe barwy drzew, które mienią się w słońcu, z drugiej jednak jest to okres, w którym Japonię nawiedzają potężne tajfuny. Potężne wiatry i powodzie są w stanie wyrządzić niezwykle dotkliwe szkody na terenie kraju. Cyklony i częste burze mają mmiejsce zwykle na przełomie września i października.